Sejarah dan perkembangan Program Pascasarjana Universitas dibagi dalam tiga periode, yaitu (1) Periode Perintis (1998-2003), (2) Periode Mandiri (2003-2005), dan (3) Periode Penyatuan (2005-sekarang). Ketiga periode itu dijelaskan berikut.
1.1.1. Periode Perintis (1998-2003)
Pembukaan Program Pascasarjana Universitas Tadulako diawali dengan perintisan kerja sama dengan perguruan tinggi di luar Provinsi Sulawesi Tengah. Pada Tahun 1998, misalnya, Program Studi Magister Manajemen Perkotaan yang diselenggarakan bekerja sama dengan Universitas Hasanuddin Makassar ternyata menjadi awal kelahiran Program Pascasarjana dalam lingkungan Universitas Tadulako, Palu. Ketika itu, Program Studi Magister Manajemen Perkotaan dikelola dengan memanfaatkan sumber daya manusia kedua belah pihak. Dengan adanya kerja sama ini, melalui Surat Keputusan Rektor Universitas Tadulako Nomor: 3813/528/PP/1998, 3 Oktober 1998, Rektor Universitas Tadulako mengangkat Dr. Hj. Sieng Daud Laratu, M.S. sebagai Koordinator dan Dr. Ir. Bunga Elim Somba, M.Sc. sebagai Sekretaris Pengelola kerja sama Program Pascasarjana.
Pada Tahun 1999, Program Pascasarjana Universitas Tadulako berkembang. Pada kenyataannya, Universitas Tadulako berhasil mengembangkan dua bentuk kerja sama. Kesatu, Universitas Tadulako bekerja sama dengan Universitas Hasanuddin dan Lembaga Administrasi Negara Republik Indonesia untuk menyelenggarakan Program Magister Administrasi Publik. Kedua, Universitas Tadulako bekerja sama dengan Universitas Hasanuddin Makassar untuk melaksanakan Program Magister Manajemen.
Pada Tahun 2001, Universitas Tadulako bekerja sama dengan Universitas Negeri Makassar untuk menyelenggarakan Program Magister Manajemen Pendidikan. Setahun kemudian, Tahun 2002, Universitas Tadulako bekerja sama dengan Universitas Hasanudin Makassar untuk membuka Program Magister Ilmu Hukum. Pada akhirnya, perintisan Program Pascasarjana Universitas Tadulako dapat menjadi pemicu pertumbuhan/pembukaan program pascasarjana dalam multibidang keilmuan.
1.1.2. Periode Mandiri (2003-2005)
Sejak berdiri sendiri pada Tahun 1981, Universitas Tadulako selalu berusaha untuk meningkatkan kualitas layanan melalui peningkatan sumber daya manusia, sarana, dan prasarana pendukung pembelajaran. Dengan usaha dan kemauan yang tinggi, pada Tahun 2002, Universitas Tadulako telah memiliki sumber daya manusia yang berkualifikasi (S3) dalam berbagai bidang ilmu. Di samping itu, sarana dan prasarana pendukung proses pendidikan semakin memadai. Dengan pertimbangan yang matang, pemimpin Universitas Tadulako terus berupaya menyelenggarakan program pascasarjana secara mandiri. Untuk itu, Universitas Tadulako mengajukan proposal penyelenggaraan program studi magister secara mandiri kepada Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia.
Pada Tahun 2003, Universitas Tadulako mendapat kesempatan melaksanakan Program Magister secara mandiri. Dalam hal ini, Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional memberi kepercayaan kepada Universitas Tadulako untuk menyelenggarakan tiga program studi, yaitu (1) Program Studi Manajemen, melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No: 184/D/T/2003, 30 Januari 2003; (2) Program Studi Administrasi Publik melalui Surat Keputusan no.: 2287/D/T/2003, 5 September 2003; (3) Program Studi Pembangunan Wilayah Pedesaan No.: 3540/D/T/2003, 30 November 2003.
Ketiga izin pembukaan program studi pada Tahun 2003 itu ternyata benar-benar menjadi awal penyelenggaraan program studi secara mandiri di Universitas Tadulako. Untuk kelancaran layanan akademis, setiap program studi dipimpin oleh seorang koordinator dan seorang sekretaris. Pelaksanaan pendidikan setiap program studi dibantu oleh seorang staf administrasi.
1.1.3. Periode Penyatuan (2005-sekarang)
Seiring dengan kamajuan program studi dalam hal kualitas dan jumlah mahasiswa, serta dalam rangka memenuhi kebutuhan pemangku kepentingan di Provinsi Sulaswesi Tengah akan sumber daya manusia yang profesional, pemimpin Universitas Tadulako menyatukan ketiga program studi dalam Program Pascasarjana Universitas Tadulako. Periode ini ditandai dengan diterbitkannya Surat Keputusan Rektor Universitas Tadulako Nomor: 3819/J28/KP/2005 tentang Pengangkatan Direktur dan Asisten Direktur (Asisten Direktur I dan II). Program studi yang berada dalam lingkungan Program Pascasarjana dalam periode ini, yaitu Program Studi Manajemen, Program Studi Administrasi Publik, dan Program Studi Pembangunan Wilayah Pedesaan. Pada Tahun 2006, ketiga program studi tersebut telah terakreditasi melalui Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Departemen Pendidikan Nasional.
Kebutuhan akan kualitas dan kualifikasi pada hampir seluruh institusi di Provinsi Sulawesi Tengah terus meningkat seiring dengan bergulirnya arus globalisasi. Universitas Tadulako, sebagai institusi yang bergerak dalam pendidikan, terus berusaha meningkatkan mutu layanan akademis dengan mengusulkan pembukaan program magister dalam bidang ilmu yang dibutuhkan oleh pemangku kepentingan. Pada Tahun 2007, usaha itu menghasilkan pembukaan tiga program studi, yaitu (1) Program Studi Magister Ilmu-ilmu Pertanian, (2) Program Studi Magister Agribisnis, dan (3) Program Studi Magister Pendidikan Bahasa Inggris. Pada Tahun 2009, Universitas Tadulako menerima izin operasional pembukaan Program Studi Magister Pendidikan Sains dan pada Tahun 2011 Universitas menerima ijin operasional penyelenggaraan Magister Ilmu Hukum dan Magister Pendidikan Bahasa Indonesia. Tahun 2011 merupakan awal penyelenggaaraan program doktoral di Universitas Tadulako yang ditandai dengan turunnya mandat Dirjen Dikti tentang penyelenggaaraan Program Doktoral Ilmu Pertanian. Dengan usaha yang tidak mengenal lelah untuk meningkatkan kualitas SDM di Sulawesi Tengah, pada Tahun 2013 Universitas Tadulako juga menerima mandat penyelenggaraan program doktoral Ilmu Ekonomi. Selanjutnya pada Tahun 2014 Pascasarjana Universitas Tadulako kembali mendapatkan kepercayaan dari Dirjen Dikti untuk menyelenggarakan Program Studi Magister Teknik Sipil melalui Izin operasional Nomor 26/E/O/2014 dari Direktorat Jenderal Pendidikan Dikti, Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan tertanggal 29 April 2014, dan mandat Dirjen Dikti untuk penyelenggaaraan 4 (empat) Program Studi Magister Akuntansi, Magister Pendidikan Matematika, Magister Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS) dan Magister Pendidikan Sejarah sesuai Surat Plt. Direktur Jendral Dikti Kemendikbud Nomor 324/E.E2/DT/2014 tanggal 8 April 2014 tentang Pembukaan Program Studi (S2) pada Universitas Tadulako. Tahun 2015 Pascasarjan kembali mendapat kepercayaan dengan terbitnya SK Dirjen Dikti no. 199/KPT/2015 tentang pembukaan program studi ilmu sosial program doktor, program studi pendidikan sains program doktor, dan program studi ilmu ekonomi program doktor pada Universitas Tadulako. Dengan demikian, hingga tahun akademik 2016/2017, Program Pascasarjana Universitas Tadulako telah mengelola 14 (empat belas) program studi magister dan 4 (empat) program studi doktoral.
Seiring dengan minat publik untuk belajar di lingkungan Program Pascasarjana Universitas Tadulako yang terus meningkat, maka dalam upaya memberikan layanan yang maksimal kepada mahasiswa yang pada awal tahun ajaran 2016/2017 telah mencapai angka tiga ribu orang lebih dengan alumni kurang lebih dua ribu orang. Struktur organisasi pengelola Program Pascasarjana Universitas Tadulako pun dilakukan pembenahan dari waktu ke waktu. Pada Tahun 2010, Program Pascasarjana Universitas Tadulako dikelola oleh seorang Direktur dan tiga orang Asisten Direktur yang ditetapkan melalui Surat Keputusan Rektor Universitas Tadulako Nomor: 212/H28/KP/2010, 11 Januari 2010. Namun seiring dengan disetujuinya OTK Universitas Tadulako yang baru Tahun 2012, berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI nomor 70 Tahun 2012, maka strukutur organisasi pengelola Program Pascasarjana sejak Januari 2013 mengalami penyesuaian dengan dikelola oleh seorang Direktur dan dua orang Wakil Direktur melalui Surat Keputusan Rektor Universitas Tadulako tanggal 26 Desember 2012.